本教団の歴史は、15名の宣教師が横浜に上陸した1891年11月22日に始まる。彼らを派遣したのはフレデリック・フランソンとその仲間たちが米国シカゴで設立した北米スカンジナビアン・アライアンス・ミッション(SAM)であった。彼らは福音未伝の地、伊豆半島、房総半島、伊豆七島、飛騨地方に伝道し、さらにアイヌ人地域への伝道も試みようとした。当初は教会設立を意図しなかったが、宣教師と牧師、信徒の協力によって生み出された諸教会は、1922年に日本同盟基督協会を組織した。戦時体制下、宗教団体法施行にともない、1940年日本聖化基督教団を設立。1941年には日本基督教団第8部に所属した。その一部が戦後同教団を離脱し、1948年に再来日した宣教師団SAM、改称してThe Evangelical Alliance Mission(TEAM)と共にゼ・エバンゼリカル・アライアンス・ミッション(日本同盟基督教団)を設立した。現在は協力を終了したが、スウェーデン・アライアンス・ミッション、スイス・アライアンス・ミッションとも協力して戦後の伝道と教会形成を進めてきた。
教団の意思決定機関は教団総会であり、2013年より宣教区代議員による代議制教団総会へ移行した。教職の養成は、同盟聖書学院(1950年開校)を一つの前身校とする東京基督教大学(2012年度より大学院神学研究科開設)他で行っている。
本教団は、「聖書信仰、宣教協力、合議制」を三本柱として、聖霊の力により、キリストの宣教命令に応えて、神の栄光を現すことを存立の目的としている。宣教協力においては「国内宣教、国外宣教、青少年宣教」を3つの動輪とし取り組んでいる。国内では積極的な開拓伝道と堅実な教会形成のため2006年から宣教区制を導入し、2018年現在、全国に16宣教区255教会・伝道所がある。また「日本とアジアと世界」に仕える教団として1975年に最初の宣教師を台湾に派遣して以来、これまでに台湾、インドネシア、カナダ(北米先住民)、タイ、パプアニューギニア、ブラジル、モンゴル、南アフリカ等に宣教師を派遣してきた。青少年伝道は、教団が保有している松原湖、浜名湖のバイブルキャンプなどを用いて青少年の救いと育成に力を注いでいる。
また、宣教100周年記念大会および105周年記念大会における宣言、「『教会と国家』に関する戦後70年宣言」、「今日の政治状況に対する私たちの声明」により、過去の偶像礼拝と戦争協力の罪を悔い改め、惜しみなく犠牲を払い、世の終わりまでキリストへの信仰を堅持することを表明している。昨今の自然災害の多発に伴い、被災地への支援活動にも積極的に取り組んでいる。2011年に発生した東日本大震災の被災地支援を通じて、2019年には岩手県大船渡市で教会を設立することになった。
※現在の局・部・委員会および宣教区
●局・部・委員会
・総務局:総務部、財務部、退職金委員会、教憲教規委員会
・出版局:総合出版部
・伝道局:伝道部、教会支援部、宣教研究部、東北宣教プロジェクト委員会
・国外宣教委員会
・教育局:教職教育部、教会教育部、家庭教育部
・社会局:社会厚生部、「教会と国家」委員会、人格尊厳委員会
・バイブルキャンプ局:松原湖バイブルキャンプ委員会、浜名湖バイブルキャンプ委員会、キャンプマネジメント委員会
・青少年局:青年部
・特別委員会:教団史編纂委員会、教師試験委員会、日韓連絡委員会、式文委員会、IT委員会、戒規委員会、会計監査、法人制度検討委員会、同盟・TEAM連絡会、宣教130周年記念大会準備委員会
●宣教区
北海道、東北、常磐、千葉、関東、東京、神奈川伊豆、信州、新潟山形、北陸飛騨、東海東、東海西、関西、中国四国、九州、沖縄。
(以上)